מספר רב של מיני עופות מקננים באזור נחל שקמה. מספר גדול זה נובע כנראה ממגוון בתי הגידול לאורך הנחל. בשל העובדה שכתמי הבתה קטנים יחסית ואינם מבודדים וטהורים, אלא לרוב מעורבים בשטחים נטועים או בצמחיית נחלים, קיימים יחסי גומלין בין בתי גידול אלה. למרות זאת, נמצאו בבתה מספר מינים דוגרים מתמחים יחסית, כגון סלעית קיץ וחנקן אדום-ראש. לכן חשוב לשמור על שטחי בתה גדולים ככל שניתן, על מנת לאפשר קיום אוכלוסיות יציבות של מיני בתה אלה. אוכלוסיות אלו חשובות משום שזה גבול התפוצה הדרום מערבי שלהן בארץ ישראל. בשטחי בתה הסמוכים לשטחים נטועים בדלילות, עושר המינים גדול עוד יותר. רוב המינים בשטחים הנטועים הם מיני חורש ים-תיכוני שהגיעו לאזור בעקבות הנטיעות. מינים אלה הם בז עצים, קוקיה מצויצת ובזבוז אירופי. כמו כן, השטחים הנטועים יוצרים שטחי קינון לחיוויאי, שאוכלוסייה חשובה שלו מתקיימת לאורך נחל שקמה, ככל הנראה בשל הקרבה בין השטחים הנטועים לבין שטחי הבתה והשטחים החקלאיים. בשטחים מלאכותיים אחידים רחבי-ידיים, כגון יערות נטועים ושדות חקלאיים גדולים, חלה ירידה במספר מיני העופות המקננים. לעומת זאת, בשטחים נטועים בדלילות מספר מיני העופות גדול יותר, ובשטחים חקלאיים הסמוכים לשטחים נטועים או לשטחי בתה מספר המינים עלה בצורה בולטת, כנראה בגלל אפקט שוליים ושימוש אפשרי של ציפורים בשני בתי הגידול. בתי הגידול הלחים נדירים במרחב שקמה ומהווים אזורי מפתח למספר מינים שדוגרים בבתי גידול לחים בצפון הארץ, כגון ברכיה, טבלן גמדי ואנפית גמדית, ונחל שקמה מהווה גבול תפוצה דרומי שלהם.
בסקרי עופות שנעשו במרחב שיקמה בשנים 2012 – 2013 זוהו בסה"כ 120 מיני עופות, מהם 51 מקננים (יציבים ומקייצים), 26 חורפים ו- 42 חולפים. להלן חלוקת מיני העופות במשארים ע"פ סדרות:
דורסי-יום: המשארים חשובים במיוחד עבור אוכלוסיית העופות הדורסים, שקיומה מותנה בשטחים טבעיים בלתי מופרים, בקווי מצוק ובעצים גבוהים המשמשים לקינון,
למנוחה, ולעמדת תצפית בזמן ציד. הדורסים נעים בין שטחי הקינון והמנוחה במשארים, לבין שטחי הציד בשדות החקלאיים הפתוחים, וכך הם משמשים כמדבירים ביולוגיים בחקלאות.
דורסים מקננים: חמישה מיני עופות דורסים מקננים במרחב שקמה (יציבים ומקייצים): חוויאי-הנחשים, עקב-עיטי, בז-מצוי, בז-עצים, נץ-מצוי.
דורסים חורפים וחולפים: המישארים משרתים במהלך החורף והנדידה מגוון יוצא דופן של עופות דורסים, חלקם ממינים המוכרים בסכנת הכחדה עולמית או אזורית. בסקר נצפו 19 מיני עופות דורסים חורפים וחולפים: עיט שמש, עיט צפרדעים, עיט חורש, עיט ערבות, עיט ניצי, עיט גמד, עקב חורף, עקב עיטי, זרון תכול, זרון סוף, זרון פס, זרון שדות, דיה שחורה, נץ מצוי, בז נודד, בז צוקים, בז גמד, בז ערב, בז אדום. מהם ארבעה מינים בסיכון עולמי: עיט שמש, עיט צפרדעים, זרון שדות ובז אדום; ושלושה בסיכון אזורי-ארצי: עיט ניצי, בז צוקים ובז אדום.
דורסי לילה: במרחב שקמה נצפו שישה מיני דורסי-לילה, מהם חמישה מקננים: כוס חורבות, תנשמת לבנה, שעיר מצוי, ינשוף עצים ואוח עייטי. כמו כן נצפה מין אחד חורף – ינשוף שדות. דורסי הלילה הם מדבירים ביולוגיים יעילים במיוחד, וקיומם במרחב מותנה במצוקים ובעצים (למעט התנשמת שמקננת גם בתיבות קינון שמותקנות עבורה בשדות החקלאיים).
ציפורי שיר: 33 מינים נצפו במרחב, ביניהם: גבתון, עפרוני, דוחל שחור גרון, דרור הבית, דרור ספרדי, נקר סורי, פשוש, צטיה, סבכי שחור-ראש, ירגזי, צופית, ירקון, חוחית, בזבוז אירופי, אדום חזה ועוד. המינים החשובים מבחינת שמירת טבע הם חמריה, חנקן אדום-ראש, חנקן גדול, סבכי קוצים ותפר. מינים אלה אופייניים לערבה עשבונית, בתה ויער-פארק, הנמצאים במגמת ירידה מתמשכת בארץ.
תור מצוי ותור צווארון: בסקר נצפו מספרים גדולים יחסית של תורים מצויים, הן בנדידה והן בקינון, לעומת מגמה מתמשכת בשנים האחרונות בכל הארץ של עלייה במספר תורי הצווארון לעומת ירידה במספרי התור המצוי.
קוקיה מצויצת וקוקיה אירופית: בסקר נצפו מספר קוקיות אירופיות החולפות באזור אגב נדידה. קוקיות מצויצות נצפו במספרים גדולים, נתון המצביע על צפיפות שיא של המין בארץ, המטיל את ביציו בקינים של עורב אפור. למרות צפיפות הקוקיות, לא נראה שהן משפיעות באופן משמעותי על מספר העורבים האפורים שבקניהם הן מטילות.
שרקרק וכחל: מקייצים בכל השטח ומקננים בקירות הכורכר. צפיפות הפרטים גבוהה מאוד יחסית לשאר חלקי הארץ.
דוגרי הקרקע הנפוצים ביותר במרחב הם חוגלה וכרוון.
עופות מים: בערוצים הלחים ובמאגרי המים שבמרחב שקמה מגוון רחב של עופות מים: ברכיה, תמירון, סיקסק, שלדג לבן-חזה, מרית, שרשיר ועוד.
שטחי המשארים מהווים מקום חיות מגוון המורכב מרכסי כורכר המכוסים בתה וגריגה נמוכה, קווי מצוק ארוכים ושטחי מחצבות ננטשות. שטחים אלה מהווים ניגוד לשטחים החקלאיים הנרחבים שסביבם, שבהם בית הגידול אחיד ודל. שטחי המשארים המאפשרים קיום של חברת עופות מגוונת, כולל מיני עופות דורסים הנמצאים בסכנת הכחדה בארץ ובעולם וכן מינים רבים הניזונים במכרסמים ובחרקים, ומהווים מדבירים ביולוגיים עבור הגידולים מזיקים בחקלאות.
בערוצים לחים ובמקווי מים מתקיים עושר מינים וקינון של מספר מינים נדירים יחסית, כגון אנפית גמדית, ומינים שתפוצתם המקומית מקוטעת כמו קנית אפריקאית. זהו גם גבול התפוצה הדרומי של מינים נוספים כמו ברכיה, צטיה ועוד. לכן יש חשיבות גדולה לשימור קטעי הנחל הלחים, כולל הצמחייה שבהם, יחד עם קיומם של מקווי מים מלאכותיים עונתיים, כמו מאגר שקמה ומאגר פורה;
השטחים הערכיים ביותר מבחינת הרכב הציפורים הם רכסי הכורכר והמחצבות הננטשות, שבהם מקננים מינים שהפכו בשנים האחרונות לנדירים דוגמת חמריה, שרקרק מצוי, כחל, תור מצוי, סבכי קוצים וחנקן אדום ראש.
ערכיות גבוהה נמצאה לכל שטח מרחב שקמה בזכות העופות הדורסים הרבים החורפים בו, ובמיוחד הדורסים המוגדרים בסכנת הכחדה – עיט שמש, עיט צפרדעים, עיט ניצי, זרון שדות, בז צוקים ובז אדום.
באזורים נטועים באחידות מגוון הציפורים קטן יחסית. עם זאת, באזורים שבהם עצים מגוונים ובצפיפות נמוכה, מתפתח בית גידול המאפשר עלייה במגוון הציפורים גם בשטח הנטוע וגם בשטחים הסמוכים אליו (הטבעיים או החקלאיים). גם עצים בודדים במרחבי הבתה יוצרים תנאים דומים, ומינים מסוימים מוצאים מחסה על עצים, דוגמת חוויאי או חנקן אדום ראש. חקלאות אינטנסיבית והומוגנית מפחיתה מאד את מספר מיני העופות באזור. לכן חשוב לנקוט משנה זהירות בשינוי בתי הגידול, בעיקר ליד שטחים משמעותיים טבעיים, על מנת לא לעורר תהליך שיפר את האיזון בהרכב המינים ויביא לדחיקתם של מינים חשובים ונדירים.
ראוי לזכור, כי מערכת אקולוגית מתפקדת היא יותר מסכום המינים שבה, וכי ה"פירוק" של עולם הצומח ובעלי החיים לקבוצות שונות, וניתוח חשיבות האזור לגבי מינים שונים, עלול להמעיט מחשיבותם הכוללת של השטחים הטבעיים. על כן, בכדי לשמר לפחות חלקים של המערכת האקולוגית במרחב, יש צורך בשמירה של שטחים טבעיים ניכרים, ובניהול נכון של השטחים הגובלים בהם - ובפרט שטחים נטועים ושטחים חקלאיים.
מקורות לקריאה נוספת: