נחל שקמה מתנקז מהרי יהודה, וזורם דרך השפלה עד שנשפך לים התיכון מצפון לרצועת עזה. לאורך נתיב זרימתו, חוצה נחל שקמה מגוון בתי גידול, חלקם טבעיים, חלקם נטועים וכן שטחים חקלאיים. חלקים רבים של הנחל לחים לאורך השנה, בשל מספר מעיינות הנובעים לאורכו. באזורים אלה נוצרו בתי גידול לחים ייחודיים. בנוסף, מצדי הנחל נשתמרו אזורי בתה נמוכה נרחבים, בשל היותם שטחי מרעה מוגנים. הסמיכות של בתי גידול אלה הופכת את נחל שקמה לאזור טבעי חשוב וייחודי. ניתן לחלק את תוואי זרימת הנחל ממערב לכביש 40 לשלושה מכלולי נוף עיקריים עיקריים: גבעות רוחמה ופורה עם נחל שקמה ביניהן, רכסי הכורכר המרכזיים, וחולות החוף. בשל ההטרוגניות הגבוהה של בתי הגידול לאורך הנחל, מתקיימים יחסי גומלין אקולוגיים רבים וסבוכים בין האורגניזמים השונים.
מיקום מרחב שיקמה באזור מעבר אקלימי, בעל מגוון קרקעות רב ותופעות גיאומורפולוגיות ייחודיות, יוצר מגוון ועושר מיני צומח וחי במרחב. אזורי החולות והכורכרים והמערכות האקולוגיות הקשורות בהם נמצאים בסכנת העלמות, ויחד עמם נמצאים בסכנת הכחדה מינים אנדמיים המתקיימים בהם. זאת, בעיקר מכיוון שהם נמצאים לאורך החוף, שהוא אזור הביקוש העיקרי למגורים ופיתוח בארץ. ברכסי הכורכר במרחב שקמה מתקיים מגוון המינים הגדול ביותר בין בתי הגידול בארץ, בעיקר מיני צומח עשבוניים, שיחים ובני שיח. זהו גם האזור המשמעותי ביותר בארץ בו נותרו רכסי כורכר רציפים ופתוחים, ומכאן החשיבות האקולוגית של שמירתם.
באגן נחל שקמה מגוון גדול יחסית של בעלי חיים: מגוון בתי הגידול במרחב, על מאפייניהם האקלימיים, הגיאוגרפיים והשפעות האדם השונות, בנוסף למרחב הפתוח, ומיעוט יחסי של גורמי קיטוע, משפיעים על המגוון הביולוגי במקום. אזורי גבול תפוצה אקולוגיים, כ"ספר המדבר", הם בעלי חשיבות רבה, בשל מגוון סיבות - באזורים אלה קיימת אינטראקציה בין מיני בעלי חיים, שאינה מתרחשת בלב אזורי התפוצה שלהם. דוגמה לסוג כזה של מפגש מתקיים בין גבול התפוצה הצפון מערבי של הקרקל וגבול תפוצתו הדרומי של חתול הביצות, או נוכחות שני מינים שונים של אותו סוג, כקיפוד חולות וקיפוד מצוי, גירית דבש וגירית מצויה ועוד. תחרות כזו מחייבת התאמות גנטיות מיוחדות, המסייעות לשפר את שרידותו של כלל המין.
ההפרשים הקיצוניים בתנאים הא-ביוטיים של בית הגידול, מגדילים אף הם את הלחץ הסביבתי בו בעלי החיים והצמחים נתונים, מה שמביא לשונות גנטית במין. לאור אלה, מקבלים יחסי הגומלין בין האדם ובעלי החיים במרחב משמעות קריטית. השפעות האדם עלולות להביא לדחיקת מינים, לפגיעה בתפקודם ואף להיעלמותם כליל. לעיתים, השפעות לא מכוונות כגון מזבלות לא מוסדרות, יכולות לגרום למינים שאינם בעלי התמחות אקולוגית לפלוש לאזור, להתחרות במינים המקומיים ואף לדחוק אותם או להכחידם (לדוגמא: חזירי בר). אופיו החקלאי ברובו של המרחב מגדיל עוד יותר את החיכוך בין האדם לחי. כאשר נפגעת פרנסתו של האדם, הוא נוקט פעולות מכוונות לפגיעה במזיקים לו (הרעלות, ציד וכד'). כדי למנוע פגיעה מיותרת באוכלוסיות בעלי החיים, יש חשיבות להכרת דרישותיהם השונות של המינים הרגישים, ולצמצום ככל הניתן של ההשפעות המזיקות. מערכת אקולוגית מתפקדת יכולה לאפשר קיום ברווחה של כלל המינים (בהם אדם) בתוכה, אך מערכת פגועה, עלולה לשמש כחרב פיפיות. בעלי חיים בבר נחשבים "טבעיים" גם אם הם מבלים חלק ניכר מזמנם באזורים חקלאיים או נטועים. מינים רבים יושפעו חיובית מנוכחות שדות ומטעים ואף מזבלות, בעוד שאחרים יושפעו מכך באופן שלילי. מספר מיני ציפורים יושפעו חיובית מנטיעת יערות. עם זאת, יש להניח שלשטחי כורכר טבעיים המשולבים בפסיפס של אזורים חקלאיים, נטועים וטבעיים, יש חשיבות מיוחדת בשימור אוכלוסיות של בע"ח המשוטטים בין סוגי האזורים השונים. מצוקי כורכר טבעיים, ולעיתים גם מחצבות נטושות, מהווים סביבה מוצלחת לחפירת מחילות ע"י יונקים כמו שועל מצוי, גירית מצויה, דרבן ועוד, ואף מאפשרים קינון של עופות כמו אוח, כוס חורבות ושרקרק מצוי. האזורים הסלעיים יוצרים תת בית גידול מתחת לאבנים ובסדקים, ויכולים להוות בית או מסתור לבע"ח שונים.
מכל הנאמר לעיל עולה, כי ישנה חשיבות מכרעת לרציפותם של השטחים הפתוחים, בין אם טבעיים ובין אם מעובדים או נטועים, לקיום מעבר פיזי וגנטי של בעלי חיים, אם לצורך שיחור מזון, מסתור ומנוחה, ואם לצורך התרבות, גידול צאצאים והמשך קיום.
בניגוד לצמחים שאותם ניתן לסקר ולהגדיר באופן מדויק, קשה להצביע על כמויות מדויקות של בעלי חיים. תצפיות נותנות אינדיקציה על נוכחות המין, אך חוסר בתצפיות איננו מצביע בהכרח על אי נוכחותו, ומספר גבוה של תצפיות אקראיות מאזור מסוים, איננו מעיד בהכרח על צפיפות גדולה של המין הנצפה. איפיון בעלי החיים במרחב מתבצע ע"י שילוב של רישום תצפיות אקראיות וביצוע ספירות ממוקדות.
סרטון צבועים במצלמת לילה באדיבות עינת בירסקי Einat Bayarsky
סרטון של צבוע ביום באדיבות עינת בירסקי Einat Bayarsky
