מיני הזוחלים העיקריים במרחב שקמה:
לטאות: שממית בתים, שממית עצים, ישימונית מצויה, חרדון מצוי, חומט מנומר, נחושית עינונית, נחושית נחשונית, נחושית חולות, חומט גמד, קמטן, זיקית ים-תיכונית, כוח אפור; כמו כן נצפתה במרחב שקמה שנונית שפלה - מין אנדמי לאדמות הקלות של השפלה ומישור החוף בישראל ולבנון, מין המוגדר בסכנת הכחדה חמורה בעולם.
נחשים: חנק, שלוון טלוא-ראש, שלוון קווים, שחור-ראש, נחש מים, נחש חולות, מטבעון מדבר, זעמן מטבעות, זעמן זיתני, זעמן שחור, תלום-קשקשים, ארבע-קו מובהק, עין-חתול חברבר, נחש כיפה, צפע מצוי;
צבים: צב יבשה מצוי. חופי הים של מרחב שקמה מהווים חופי הטלה חשובים לשני מיני צבי ים – צב ים חום וצב ים ירוק. מכיוון שזוויג הביצים מושפע מצבע החולות, החופים הדרומיים של ארץ ישראל (בעיקר חופי זיקים ושמורת ים שקמה) מהווים בית גידול עיקרי לזכרים משני המינים. במהלך מחזור חייהם אורבות לצבי הים סכנות שונות, טבעיות ומעשה ידי אדם, ולכן צבי הים נמצאים בסכנת הכחדה בעולם כולו.
