המסלע והקרקע, יחד עם התהליכים הגיאומורפולוגיים המתרחשים בהן, בהשפעת ההידרולוגיה, יוצרים ומעצבים את תשתית הנוף של המרחב:
- במרחב ישנו מגוון גדול של קרקעות, הנובע הן מהשונות האקלימית, הן מסלע המצע והן ממקור הקרקע: חול דיונות שמקורו בים, קרקע איאולית שהוסעה ברוח (לס) וקרקע אלוביאלית - סחף שהובל על-ידי נחלים;
- מיקומו של מרחב שקמה ב"ספר המדבר", יחד עם קרבתו לים, הופכים אותו לגבול תפוצה של מספר קרקעות, ומתקיימים בו מספר "מפגשים" מעניינים בין סוגי קרקעות: גבול ההתפשטות הצפוני של קרקעות הלס הטובות לחקלאות - קרקעות הלס מרובדות עד לנחל שקמה, כאשר צפונה ממנו נמצאות אך שכבות מועטות וקטנות יותר של לס; גבול התפוצה הדרומי והמזרחי של הכורכר, וגם אחד האזורים היחידים בהם נותרו שטחים נרחבים יחסית של רכסי כורכר פתוחים; "קו מגע" מזרחי בין כורכר לקירטון (באזור "הברך" של נחל שקמה), וצפוני בין כורכר ללס;
- הרגישות ההידרולוגית לזיהום מי תהום מושפעת מקיומה של שכבה מחלחלת וממידת חדירות הקרקע. האזור המערבי החולי חדיר יותר לנגר, ולכן רגיש יותר לזיהומים, לעומת שכבות הלס האטימות יחסית לחלחול נגר, המאפיינות את חלקו המזרחי של המרחב;
- נחל שקמה מהווה אלמנט מקשר בין מגוון הנופים במרחב, כאשר נופיו משתנים ממזרח למערב בהתאם לאופי האזור בו הוא עובר: רכסי כורכר, עמקים אלוביאליים או דיונות חול. אגן הנחל מנקז בעיקר נחלים שבאים מדרום. באזורים המישוריים יחסית בחלק הצפוני מערבי של אגן הנחל נוצרות בעיות ניקוז;
- מגוון הקרקעות, יחד עם השפעות גיאומורפולוגיות המעצבות את הנוף בדינמיות, יוצרים עושר נופי ואקולוגי, המאפשר בתי גידול מגוונים של בעלי חיים וצומח, וכולל תופעות ייחודיות כמו נוף הבתרונות באזור רוחמה. מגוון זה משפיע גם על אפשרויות ניצול הקרקע לשימושים חקלאיים - מטעים, גד"ש ומרעה.
